松田 真弥 (MATSUDA, Shinya)
東京大学理学部生物情報科学科
杉村研究室 助教
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学歴
2000年4月 東京大学 教養学部理科二類入学2004年3月 東京大学 理学部生物学科動物学専攻卒業(平良眞規研究室)
2004年4月 東京大学 理学系研究科生物科学専攻入学(平良眞規研究室)
2006年3月 同大学院 修士課程修了
2006年4月 ヘルシンキ大学 生物・環境科学研究科生物科学専攻入学
2013年8月 同大学院 博士課程修了 Ph.D(遺伝学)取得 評価: Laudatur
職歴
2013年9月-2019年3月 研究員 (バーゼル大学Markus Affolter研究室2016年4月-2018年3月 海外学振 (同上)
2019年3月-2023年2月 プロジェクトリーダー (Ambizione fellow, 同上)
2023年11月- 東京大学理学部生物情報科学科 助教
研究費
2007年-2010年 Viikki Graduate School in Molecular Biosciences (フィンランド)2016年-2018年 日本学術振興会 海外学振
2018年-2019年 バーゼル大学 Research Fund Junior Researchers
2020年-2021年 SPARKグラント スイス国立科学財団 (SNSF)
2019年-2023年 Ambizioneグラント スイス国立科学財団 (SNSF)
論文
- 12. Ridwan SM, Twillie A, Poursaeid S, Beard EK, Bener MB, Antel M, Cowan AE, Matsuda S*, Inaba M*
Diffusing fraction of niche BMP ligand safeguards stem-cell differentiation
Nat. Commun. (2024) Accepted [Link] - 11. Rasouliha SH, Aguilar G, Reinger C, Matsuda S*
Shaping and interpretation of Dpp morphogen gradient by endocytic trafficking
bioRxiv (2023) [Link] - 10. Simon N, Safyan A, Pyrowolakis G*, Matsuda S*
Dally is not essential for Dpp spreading or internalization but for Dpp stability by antagonizing Tkv-mediated Dpp internalization
eLife (2023) [Link] - 9. Bauer M, Aguilar G, Wharton K, Matsuda S*, Affolter M*
Heterodimerization-dependent secretion of bone morphogenetic proteins in Drosophila
Dev. Cell (2023) [Link] - 8. Matsuda S*, Schaefer JV, Mii Y, Hori Y, Bieli D, Taira M, Plückthun A, Affolter M*
Asymmetric requirement of Dpp/BMP morphogen dispersal in the Drosophila wing disc
Nat. Commun. (2021) [Link] - 7. Vigano MA, Ell CM, Kustermann MMM, Aguilar G, Matsuda S, Zhao N, Stasevich TJ, Pyrowolakis G, Affolter M
Protein manipulation using single copies of short peptide tags in cultured cells and in Drosophila. Melanogaster
Development (2021) [Link] - 6. Galeone A, Adams JM, Matsuda S, Presa MF, Pandey A, Han SY, Tachida Y, Hirayama H, Vaccari T, Suzuki T, Lutz CM, Affolter M, Zuberi A, Jafar-Nejad H
Regulation of BMP4/Dpp retrotranslocation and signaling by deglycosylation
eLife (2020) [Link] - 5. Vigano MA, Bieli D, Schaefer JV, Jakob RP, Matsuda S, Maier T, Plückthun A, Affolter M
DARPins recognizing mTFP1 as novel reagents for in vitro and in vivo protein manipulations
Biol. Open (2018) [Link] - 4. Matsuda S*, Affolter M*.
Dpp from the anterior stripe of cells is crucial for the growth of the Drosophila wing disc
eLife (2017) [Link] - 3. Matsuda S, Blanco J, Shimmi O
A feed-forward loop coupling extracellular BMP transport and morphogenesis in Drosophila wing
PLoS Genetics (2013) [Link] - 2. Matsuda S, Yoshiyama N, Künnapuu-Vulli J, Hatakeyama M, Shimmi O
Dpp/BMP transport mechanism is required for wing venation in the sawfly Athalia rosae
Insect Biochem. Mol. Biol. (2013) [Link] - 1. Matsuda S, Shimmi O
Directional transport and active retention of Dpp/BMP create wing vein patterns in Drosophila
Dev. Biol. (2012) [Link]
総説
- 8. Matsuda S*, Affolter M*
Is Drosophila Dpp/BMP morphogen spreading required for wing patterning and growth?
Bioessays (2023) [Link] - 7. Lepeta K, Bauer K, Aguilar G, Vigano MA, Matsuda S, Affolter M
Studying Protein Function Using Nanobodies and Other Protein Binders in Drosophila
Methods Mol. Biol. (2022) [Link] - 6. Matsuda S, Aguilar, G, Vigano MA, Affolter M
Nanobody-based GFP traps to study protein localization and function in developmental biology
Methods Mol. Biol. (2022) [Link] - 5. Aguilar G, Matsuda S, Vigano MA, Affolter M
Using Nanobodies to Study Protein Function in Developing Organisms
Antibodies(Basel) (2019) [Link] - 4. Aguilar G, Vigano MA, Affolter M*, Matsuda S*
Reflections on the use of protein binders to study protein function in developmental biology
Wiley Interdiscip. Rev. Dev. Biol. (2019) [Link] - 3. Bieli D, Alborelli I, Harmansa S, Matsuda S, Caussinus E, Affolter M
Development and Application of Functionalized Protein Binders in Multicellular Organisms
Int. Rev. Cell Mol. Biol. (2016) [Link] - 2. Matsuda S, Harmansa S, Affolter M
BMP morphogen gradients in flies
Cytokine Growth Factor Rev. (2016) [Link] - 1. Shimmi O, Matsuda S, Hatakeyama M
Insights into the molecular mechanisms underlying diversified wing venation among insects
Proc. Biol. Sci. (2014) [Link]